特定感染症指定医療機関
一類感染症、二類感染症の患者および新感染症の所見がある者に対する医療機関として厚生労働大臣が指定する。
第一種感染症指定医療機関
一類、二類感染症の患者に対する医療機関として都道府県知事が指定する。
第二種感染症指定医療機関
二類感染症の患者に対する医療機関として都道府県知事が指定する。
感染症の病原体及び毒素は、6条19〜22項により、一種病原体等から四種病原体等までの特定病原体等と、特定病原体等に該当しない病原体等に分類される。この分類に基づいて、標準物質等としての所持、輸入、譲渡し及び譲受け、運搬、帳簿管理を制限し（56条の3〜38）、事故による疫病発生や生物兵器としての利用を防止する。
なお、後述「BSLx」の表記は、国立感染症研究所病原体等安全管理規定別表3[1]
に基づくバイオリスクグループ分類である。
病原性を有し、国民の生命及び健康に「極めて重大な」影響を与えるおそれがある以下5つの病原体等。
アレナウイルス属ガナリトウイルス、サビアウイルス、フニンウイルス、マチュポウイルス及びラッサウイルス (BSL4)
エボラウイルス属アイボリーコーストエボラウイルス、ザイールウイルス、スーダンエボラウイルス及びレストンエボラウイルス (BSL4)
オルソポックスウイルス属バリオラウイルス（別名痘そうウイルス） (BSL4)
ナイロウイルス属クリミア・コンゴヘモラジックフィーバーウイルス（別名クリミア・コンゴ出血熱ウイルス） (BSL4)
マールブルグウイルス属レイクビクトリアマールブルグウイルス (BSL4)
所持、輸入、譲渡し及び譲受けは一部の例外を除いて禁じられる。運搬には都道府県公安委員会への届出が必要である。所持者には帳簿を備える記帳義務が課せられる。
病原性を有し、国民の生命及び健康に「重大な」影響を与えるおそれがある以下6つの病原体等。
エルシニア属ペスティス（別名ペスト菌） (BSL3)
クロストリジウム属ボツリヌム（別名ボツリヌス菌） (BSL2)
コロナウイルス属SARSコロナウイルス (BSL3)
バシラス属アントラシス（別名炭疽菌） (BSL3)
フランシセラ属ツラレンシス種（別名野兎病菌）亜種ツラレンシス及びホルアークティカ (BSL3)
ボツリヌス毒素（人工合成毒素であって、その構造式がボツリヌス毒素の構造式と同一であるものを含む。） (BSL2)
所持、輸入、譲渡し及び譲受けには厚生労働大臣の許可が必要である。運搬には都道府県公安委員会への届出が必要である。所持者には帳簿を備える記帳義務が課せられる。
病原性を有し、国民の生命及び健康に影響を与えるおそれがある以下3つの病原体等。
雇用 リフォーム 包茎 文房具 リフレ スポーツ パソコン 旅行 教育 特産物 バスト 在宅 養毛 SOHO 仏具 リフレ 調査 アロマ ペット 海外留学 家電 学習 スポット フレグランス 交通地図 インプラント キャッシング クレジット 弁護士 葬儀 美容整形 サプリ 結婚 アロマ アウトドア 外国語 バイク 通信教育 水族館 エイジ 観光 バスト 探偵 ポイント 不動産 結婚 美容整形 結婚 成人病 花
コクシエラ属バーネッティイ (BSL3)
マイコバクテリウム属ツベルクローシス（別名結核菌）（イソニコチン酸ヒドラジド及びリファンピシンに対し耐性を有するものに限る。） (BSL3)
リッサウイルス属レイビーズウイルス（別名狂犬病ウイルス） (BSL3)
所持、輸入には厚生労働大臣への届出が必要である。譲渡し及び譲受けに関する規定はない。運搬には都道府県公安委員会への届出が必要である。所持者には帳簿を備える記帳義務が課せられる。
病原性を有し、国民の健康に影響を与えるおそれがある以下10の病原体等。
インフルエンザウイルスA属インフルエンザAウイルス（血清亜型がH2N2・H5N1・H7N7であるもの（新型インフルエンザ等感染症の病原体を除く。）又は新型インフルエンザ等感染症の病原体に限る。） (BSL3)
エシェリヒア属コリー（別名大腸菌）（腸管出血性大腸菌に限る。） (BSL2)
エンテロウイルス属ポリオウイルス (BSL2)
クリプトスポリジウム属パルバム（遺伝子型が一型又は二型であるものに限る。） (BSL2)
サルモネラ属エンテリカ（血清亜型がタイフィ又はパラタイフィAであるものに限る。） (BSL3)
志賀毒素（人工合成毒素であって、その構造式が志賀毒素の構造式と同一であるものを含む。） (BSL2)
シゲラ属（別名赤痢菌）ソンネイ、デイゼンテリエ、フレキシネリー及びボイデイ (BSL2)
ビブリオ属コレラ（別名コレラ菌）（血清型が01又は0139であるものに限る。） (BSL2)
フラビウイルス属イエローフィーバーウイルス（別名黄熱ウイルス） (BSL3)
マイコバクテリウム属ツベルクローシス（三種病原体等第二号に掲げる病原体を除く。） (BSL3)
所持、輸入、譲渡し及び譲受け、運搬、帳簿管理に関する規定はない。